中国经济学年会创办于2001年。年会理事单位为:北京大学中国经济研究中心、复旦大学经济学院、南开大学经济学院、厦门大学经济学院、西北大学经济管理学院、中国人民大学经济学院、武汉大学经济与管理学院、香港大学经济与金融学院、清华大学经济管理学院、上海财经大学经济学院和南京大学商学院。
年会设秘书处,负责年会的组织和协调工作。秘书长任期三年,由经济学院系院长系主任联席会议选举产生。北京大学副校长、中国经济研究中心副主任、中国经济学年会发起人海闻教授在首届年会上当选为秘书长,并在2004年第四届经济学院系院长系主任联席会议中被选举连任为第二届秘书长。
中国经济学年会至今已经成功地举办了六届。首届中国经济学年会于2001年10月在北京大学召开。期间召开了经济学院系院长系主任联席会议,决定每年召开一次年会,成立年会秘书处。第二、第三、第四、第五、第六届中国经济学年会分别于2002年10月、2003年12月和2004年12月、2005年12月、2006年12月在西北大学、复旦大学、南开大学、厦门大学和武汉大学召开。