2004年，为贯彻《中共中央关于进一步繁荣发展哲学社会科学的意见》，充分发挥北京地区高等学校哲学社会科学研究优势，北京市教委、市哲学社会科学规划办依托北京地区17所高校，建立了第一批“北京市哲学社会科学研究基地”，北京大学经济学院中国都市经济研究基地是北京大学唯一一个入围的研究基地。目前，研究基地首席专家为北京大学副校长刘伟教授，基地负责人为北京大学校长助理黄桂田教授。
2011年7月28日下午，北京市教育委员会和北京哲学社会科学规划办公室联合召开了2011年北京市哲学社会科学研究基地工作会议，公布了第一批北京市哲学社会科学研究基地二期（2008—2010年）建设验收结果，北京大学经济学院中国都市经济研究基地在所有参与验收评比的17个基地中成绩突出，被评选为“优秀”研究基地。在以往成绩的基础上，基地将再接再厉进入三期（2011-2013年）的建设工作。
经过前两期建设，基地有力地带动了科研课题的增加，对课题研究起了孵化作用；基地有力地推进了学科和人才队伍建设；基地促进了科研基础条件和支撑条件的改善；基地产生了一批有影响的成果；基地有力地融入到北京市社会经济发展之中。
2005年以来，中国都市经济研究基地每年主持编写的《中国都市经济研究基地年度报告》，已经在国内外学术和实践部门特别是为北京地方发展服务方面产生了比较重要的影响。该报告和基地研究主要内容为立足北京研究国内外大型都市、都市圈和都市连绵区发生、发展和衰弱的社会经济机制；借鉴国内外都市、都市圈和都市连绵区资源配置和竞争的实践为北京市社会经济发展提供咨询服务；都市经济发展中产业转型、经济辐射、财政、金融、生态环境、水资源、大型赛事等专项问题的经济性研究。
