为了鼓励规范的经济学研究，《经济学季刊》特设立年度最佳论文奖，每年度从《经济学季刊》发表的文章中评选出最佳论文一篇，奖金为人民币5000元。获奖论文由本刊学术委员会在提名论文中以多数投票的形式决定。
2002－2003年度《经济学季刊》最佳论文奖提名论文是（排名不分先后）：
邓宏图：“历史上的‘官商’：一个经济学分析”（第2卷第3期）
唐伟敏、邹恒甫：“一种不完全信息下的资产定价模型” （第2卷第2期）
徐宽：“基尼系数的研究文献在过去八十年是如何拓展的” 第2卷第4期）
张新、将殿春：“中国经济的增长 — GDP数据的可信度以及增长的微观基础”（第2卷第1期）
周惠中：“电信企业的兼并、分拆和接入的规则”（第2卷第1期）
2002－2003年度《经济学季刊》最佳论文奖授予中国证券监督管理委员会张新和南开大学蒋殿春发表于《经济学季刊》第2卷第1期的“中国经济的增长 — GDP数据的可信度以及增长的微观基础”。
