2002年9月18日，北京清华大学经济管理学院院长赵纯均与台湾新竹清华大学科技管理学院院长王国明代表两学院签署了《交流合作协议书》。签字仪式在北京清华大学经济管理学院举行。台湾新竹清华大学科技管理学院师生代表团43人参加了签字仪式。
这个协议是依据1995年12月《海峡两岸清华大学交流合作备忘录》、2001年4月《新竹清华大学研究发展处与北京清华大学科学技术处交流协议》、《两岸清华大学交换暑期专题研究学生具体办法》以及《两岸清华大学老师交换访问具体办法》的精神签署的。根据协议，两学院鼓励学生进行暑期交流、参与各种竞赛；鼓励老师交换访问、交换授课等；推动两学院在研究方面合作，并推动在国际MBA或EMBA学位教育方面的合作。
在签字仪式上，两学院院长分别介绍了各自学院的历史和发展战略，表达了对进一步合作的意向。随后，28名台湾新竹清华大学科技管理学院MBA学生和15名教师与北京清华大学经济管理学院的IMBA学生和相关系和教研组的教师进行了分组交流。
