自２００８级硕士研究生起，南开大学将以经济学院为试点，在同一专业内实行“课程硕士”与“研究硕士”双轨并行培养。
南开大学即将实行的研究生课程“双轨制”，将在第一学年末根据硕士研究生的意愿和课程、科研成绩进行筛选。“课程硕士”第二学年将在第一学年理论课程学习的基础上，适当强化应用性课程的学习，通过论文写作，达到适应社会对应用型高级专业人才的要求后就业。而“研究硕士”则在第二学年以硕士研究生身份与当年录取的博士新生同期进行博士课程的学习，该学年结束后正式进入博士学习阶段。
南开大学副校长、研究生院院长佟家栋说，随着我国社会经济发展，对应用型人才的需求加大，出现了旨在适应这种形势的２年制培养模式。然而，大部分改革高校培养方式却没有改变，仍然是理论课程偏多，应用性课程偏少，造成社会需求与人才培养在结构上的不对称，许多两年制硕士研究生在就业市场上缺乏竞争力。
据介绍，在教学安排方面，对“课程硕士”的指导将采取导师组制。学生在学习和毕业论文写作过程中，既可以受到本校专职导师的指导，又可以接受企业界、政府部门等单位的兼职导师的指导。
此外，学校会在“研究硕士”进入博士学习后的那一年安排学术讨论课，要求他们定期提交研究报告，对其研究中期成果进行检查，为他们写出高质量的毕业论文打下坚实基础。
“‘双轨制’为我们提供了一个自由选择的空间。”即将成为南开大学金融系硕士研究生的张之说，“第一年硕士课程的学习让我们能够对自己有一个客观评价，当我们确定了发展方向后，有两条专为我们设定的培养道路可供选择，让我们对未来更有信心了。”
从２００８年９月开始，南开大学将实施研究生培养机制改革，以每年评定一次奖学金代替原有的公费、自费研究生培养制度。在经济学院实行“双轨制”后，奖学金的比例、奖级将更多地向“研究硕士”倾斜。
